Irlandia, rok 1952. Nastoletnia Filomena Lee zachodzi w ciążę, rodzina wysyła ją do klasztoru w miejscowości Roscrea, w hrabstwie Limerick, gdzie zakonnice "opiekują się upadłymi kobietami". Kiedy chłopiec, którego urodziła, kończy trzy lata, zostaje odebrany matce, "sprzedany" przez zakonnice do adopcji amerykańskiej rodzinie i wywieziony z Irlandii. Filomena zmuszona do formalnego zrzeczenia się wszelkich praw do dziecka, nigdy więcej go nie zobaczyła, kolejne pięćdziesiąt lat spędziła na poszukiwaniach. Nie miała pojęcia, że i syn szukał jej przez całe swoje życie.
Michael (taki eimię dali mu przybrani rodzice) Hess wyrósł na jednego z najlepszych waszyngtońskich prawników. Zajmował wysokie stanowisko w strukturach Partii Republikańskiej za czasów administracji George’a Busha Seniora. Ale syn Filomeny miał pewną tajemnicę: był gejem. Waszyngton w latach osiemdziesiątych nie należał do miejsc gdzie można było otwarcie mówić o swojej odmiennej orientacji seksualnej. Kiedy zachorował na AIDS, starał się to ukryć tak długo, jak to było możliwe. Wiedząc, że zostało mu niewiele czasu, powrócił do Irlandii, by błagać zakonnice o pomoc w odnalezieniu matki, którą pragnął zobaczyć przed śmiercią. Odmówiły.
Tajemnica Filomeny jest poruszającą opowieścią o matce i synu rozdzielonych przez bezduszne instytucje oraz morze urzędniczej hipokryzji po obu stronach Atlantyku.